请问C盘中的某些程序中了木马病毒,能直接将其删除吗?

一般是可以清除的，至少已经破坏了病毒，但有的病毒会在其它盘留有备份，如果貌然打开会让病毒死恢复然。

删除的话肯定是删文件了，你还是选隔离吧，360默认的也是隔离。其实删掉了也没有关系，一般的木马都是独立的进程独立的文件，删了就删了。

木马不损伤硬件（至少目前是这样的），所以也不会损伤硬盘了。对于有些木马，简单地格式化C盘再安装系统是无法彻底清除的，除非你将整个硬盘上的分区全部格式化，再重新安装系统－－－真到了这一步强烈建议这样操作。